Kecamatan Pegajahan memiliki luas ± 95,53 KM2, yang membawahi 13 Desa/Kelurahan, terdiri dari 12 Desa dan 1 Kelurahan, diantaranya 3 Desa Perkebunan, 1 Kelurahan, 9 Desa Pertanian serta 66 Dusun.
Adapun batas-batas wilayah Kecamatan Pegajahan :
Sebelah utara berbatas dengan Kecamatan Perbaungan.
Sebelah Timur berbatas dengan Kecamatan Sei Rampah.
Sebelah Selatan berbatas dengan Kecamatan Sei Rampah/Kec. Dolok Masihul
Sebelah Barat berbatas dengan Kecamatan Serbajadi/Kec. Perbaungan.
Desa Perkebunan, terdiri dari 3 (tiga) Desa yaitu :
1. Desa Bengabing
2. Desa Pondok Tengah
3. Desa Tanjung Putus
Kelurahan 1, yaitu Kelurahan Melati Kebun
Desa Pertanian 9 Desa, yaitu :
1. Desa Bingkat
2. Desa Jatimulyo
3. Desa Karang Anyar
4. Desa Petuaran Hilir
5. Desa Petuaran Hulu
6. Desa Lestari Dadi
7. Desa Pegajahan
8. Desa Sukasari
9. Desa Sennah